Kebijakan desentralisasi dan otonomi daerah yang efektif dilaksanakan sejak tahun 2001, meningkatkan kesempatan bagi pemerintah daerah untuk menemukan alternatif solusi inovatif dalam menghadapi tantangan-tantangan yang dihadap. Pemerintah daerah dituntut untuk memberikan perhatian yang lebih besar terhadap kualitas penyelenggara pelayanan publik dasar serta bagaimana meningkatkan kemandirian daerah dalam melaksanakan pembangunan. Untuk mengoptimalkan potensi, kerjasama antar daerah dapat menjadi salah satu alternatif inovasi/konsep yang didasarkan pada pertimbangan efisiensi dan efektivitas, sinergis dan saling menguntungkan terutama dalam bidang-bidang yang menyangkut kepentingan lintas wilayah. Kebijakan desentralisasi dan otonomi daerah, melalui berbagai payung regulasi (peraturan pemerintah) mendorong kerjasama antar daerah. Kerjasama diharapkan menjadi satu jembatan yang dapat mengubah potensi konflik kepentingan antar daerah menjadi sebuah potensi pembangunan yang saling menguntungkan.
Masuknya dunia pada era globalisasi memperluas cakupan kerjasama antar daerah dalam suatu negara maupun antara satu daerah dan pihak luar negeri. Aktor kerjasama pun tidak hanya pejabat-pejabat pemerintahan, tetapi juga pihak swasta. Kerjasama yang terjadi dalam rangka membangun daerah dapat terjalin antar-pemerintahan daerah dalam suatu negara ataupun pemerintah daerah dengan pemerintahan negara lain atau pihak asing. Artinya hubungan kerjasama tidak harus selalu berupa hubungan antar negara, melainkan dapat pula berupa hubungan kerjasama antar propinsi/ kabupaten/ kota. Mengingat kenyataan bahwa kota-kota disetiap negara memiliki peran yang penting dan cukup signifikan dalam kedudukannya sebagai sumber ekonomi dan perdagangan, ilmu pengetahuan dan teknologi serta pusat tenaga kerja potensial yang mendukung jalannya proses globalisasi tersebut.
Mengingat kebutuhan akan kerjasama itulah, pada tanggal 14 Nopember 2005 melalui Peraturan Daerah No.12 Tahun 2005 tentang Organisasi Sekretariat Daerah Kota Surabaya, Bagian Kerjasama dibentuk dengan harapan dapat menjadi fasilisator kerjasama yang dijalin Pemerintah Kota dengan berbagai pihak termasuk Pemerintah Daerah (propinsi, kota atau kabupaten), lembaga, institusi, perguruan tinggi, organisasi dan stake holder lain di dalam maupun luar negeri.